那天蹲在实验台边上整理样本标签,脑子里第一个冒出来的问题就是dna测序技术有哪些,本来只想随口问一句,没打算把这些东西都摸得清清楚楚,谁知道一来二去,断断续续耗了好几个下午,听了好多零碎的说法,很多内容到现在也只是一知半解。

最先开口的是带我的师兄,他手上还在处理扩增好的片段,没有停下来,只是侧过头说了几句,先说了一代的那种,说早些年做小片段的时候常会用到,读出来的序列很长,但是一次能测的量很少,通量低,做批量样本就很不划算。我当时听着,下意识拿笔在本子上划了一道,还傻乎乎想着,是不是这个技术现在已经没人在用了,后来才反应过来,不是淘汰,只是适用的场景不一样,有些需要精准验证的片段,还是会拿它来复核。

本子上写的字歪歪扭扭的,很多地方都没有标注明白。

再往后聊到的就是大家平时听得最多的二代测序,师兄说实验室里大部分批量筛查的项目都是靠这个,一次可以同时跑一大堆样本,产出的数据量特别大,就是单条读长比不上前面那一种。那天刚好旁边仪器在运转,嗡嗡的声响一直飘过来,我盯着屏幕上跳动的进度条,很难想象这么一堆数据最后要怎么梳理,光是想想后续的分析流程,就觉得头大。那时候我还犯了一个误区,以为只要是测序,出来的结果都是直接能用的,不知道原始数据里面混杂很多杂信号,要花很长时间去过滤、比对,不是仪器跑完就万事大吉。

后来另一个师姐过来交接样本,听见我们在聊这个,顺嘴提了长读长的三代测序,她说这个不用像二代那样把基因拆成很短的碎片,能直接读出很长的片段,在组装的时候会省心不少,就是成本方面会高出不少,很多常规项目不会优先选它。我凑过去看她平板上的组装示意图,线条拉得很长,和之前见过的短片段拼接图完全两样,一时之间分不清哪一种更适合我手上这批样本,也不敢随便下定论,只是默默把她说的话记下来,没有继续追问更深的原理。

中间有一段,思绪突然飘走了,盯着离心管上的条码发呆,忘了接着问别的。回过神的时候,师兄已经转身去处理别的实验,话题就这么断掉了,没有顺着一条线把所有类型顺完整。之后我自己翻了一些资料,还看到有专门针对特定目标区域的测序,不是全基因组都测,只抓取感兴趣的那一小部分区域,节省不少成本和算力,适合定向去找某些位点的情况。我分不清它算独立的技术,还是只是二代测序的一种应用方式,翻来翻去也没有得到一个确定的说法,索性就不再纠结这个划分。

那段时间就是这样,没有系统的课程,全是在实验室的间隙里东听一句、西记一句,有时候不同人讲的侧重点不一样,听着甚至会觉得有点矛盾,一会说通量优先,一会说读长优先,一会又说要看预算。我慢慢意识到,没有一个绝对更好的选项,选哪一种,全看要做什么,样本多少,手上的经费够不够。

这些内容,仅仅是我自己在实验室里断断续续听来的碎片,只代表我个人的接收情况,不同人的接触场景、学习渠道不一样,了解到的信息也会不一样。

那天晚上收拾东西离开的时候,本子上密密麻麻写了好几行,没有规整的分类,也没有清晰的对比,只是一堆随手记下的名词和短句。走出实验楼,晚风刮过来,我把本子塞进包里,没有打算继续深挖,反正眼下的实验,暂时也用不到把所有测序技术都吃透。